Work on pdd, code refactoring.

AMDiS/libtool

AMDiS/src/AMDiS_fwd.h

AMDiS/src/DOFAdmin.cc

AMDiS/src/DOFAdmin.h

AMDiS/src/MacroElement.h

AMDiS/src/MacroWriter.h

AMDiS/src/Marker.h

AMDiS/src/MatrixVector.h

AMDiS/src/Mesh.cc

AMDiS/src/MeshStructure.h

AMDiS/src/MeshStructure_ED.h

AMDiS/src/MpCCIAdapter.h

AMDiS/src/Newton.h

AMDiS/src/NonLinSolver.h

AMDiS/src/NonLinUpdater.h

AMDiS/src/OEMSolver.h

AMDiS/src/OpenMP.h

AMDiS/src/Operator.h

AMDiS/src/ParallelDomainProblem.cc

AMDiS/src/ParallelDomainProblem.h